本发明提供了一种低山丘陵区农业面源污染治理的体系方法,将丘陵坡地开垦为反坡梯地,每行梯地保持等高水平,不同行梯地相互平行并垂直于上坡地的倾斜方向;所述的体系方法包括:源头减量,所述的源头减量为替代与减量化学农药和减量化肥的使用;径流阻截,所述的径流阻截为在反坡梯地外坡面种植植物篱,在坡面、背沟和梯壁种植地表覆盖植物;过程控制,所述的过程控制设置截洪沟、排水纵沟、背沟、沉砂池和集水井和初期雨水收集装置,并形成网络;养分利用,所述的养分利用包括预处理单元和主体处理单元;本发明充分利用现场地形条件,在径流和污染形成不同阶段,采取相应的生态控制和处理方法,提高径流养分循环利用效率,减少面源污染物的产生和排放。